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2016 Report

This page contains the laboratory’s annual report for 2016. We list Professors, Post-Doc Fellows, PhD Students, Master Students, Undergraduate Students, Research Projects (in Portuguese), Journal Publications, Conference Publications, Concluded Supervisions (partially in Portuguese), and Awards (in Portuguese).

Professors

  • Christiane Neme Campos
  • Cid Carvalho de Souza
  • Eduardo Candido Xavier
  • Flávio Keidi Miyazawa
  • Fábio Luiz Usberti
  • Guilherme Pimentel Telles
  • Lehilton Lelis Chaves Pedrosa
  • Orlando Lee
  • Pedro Jussieu de Rezende
  • Rafael Crivellari Saliba Schouery
  • Zanoni Dias
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Post-Doc Fellows

  • Carla Negri Lintzmayer. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa.
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PhD Students

  • Andre Rodrigues Oliveira. Supervisor: Zanoni Dias.
  • Andrei de Almeida Sampaio Braga. Supervisor: Cid Carvalho de Souza.
  • André Carvalho Silva. Supervisor: Orlando Lee.
  • Atílio Gomes Luiz. Supervisor: Christiane Neme Campos.
  • Bruno Malveira Peixoto. Co-Supervisor: Zanoni Dias.
  • Felipe Alves da Louza. Supervisor: Guilherme Pimentel Telles.
  • Félix Carvalho Rodrigues. Supervisor: Eduardo Candido Xavier.
  • Jorge Augusto Hongo. Supervisor: Guilherme Pimentel Telles.
  • Lucas Porto Maziero. Supervisor: Fábio Luiz Usberti.
  • Lucas Prado Melo. Supervisor: Lehilton Lelis Chaves Pedrosa.
  • Mauricio Jose de Oliveira Zambon. Supervisor: Pedro Jussieu de Rezende. Co-Supervisor: Cid Carvalho de Souza.
  • Mauro Henrique Mulati. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa.
  • Maycon Sambinelli. Supervisor: Orlando Lee.
  • Murilo de Lima. Supervisor: Orlando Lee.
  • Márcio Félix dos Reis. Supervisor: Orlando Lee. Co-Supervisor: Fábio Luiz Usberti.
  • Paulo Eduardo Rauber. Co-Supervisor: Pedro Jussieu de Rezende.
  • Rafael Kendy Arakaki. Supervisor: Fábio Luiz Usberti.
  • Vinicius de Novaes Guimarães Pereira. Supervisor: Eduardo Candido Xavier.
  • Yulle Glebbyo Felipe Borges. Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery.
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Master Students

  • Acauan Cardoso Ribeiro. Supervisor: Guilherme Pimentel Telles.
  • Alexandre Toshio Hirata. Co-Supervisor: Eduardo Candido Xavier.
  • Celso Aimbiré Weffort Santos. Co-Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery.
  • Clayton Henrique Samora. Co-Supervisor: Fábio Luiz Usberti.
  • Edson Ariel Ticona Zegarra. Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery.
  • Francisco Jhonatas Melo da Silva. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa. Co-Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery.
  • Gustavo Henrique Czaikoski. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa.
  • Hugo Kooki Kasuya Rosado. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa. Co-Supervisor: Lehilton Lelis Chaves Pedrosa.
  • João Paulo Pereira Martin. Supervisor: Zanoni Dias.
  • Kent Emershon Yucra Quispe. Supervisor: Eduardo Candido Xavier.
  • Klairton de Lima Brito. Supervisor: Zanoni Dias.
  • Marcelo Pinheiro Leite Benedito. Supervisor: Lehilton Lelis Chaves Pedrosa.
  • Mônica Domingues de Arruda Cachoni. Supervisor: Guilherme Pimentel Telles.
  • Natanael Ramos. Supervisor: Cid Carvalho de Souza.
  • Raí Caetano de Jesus. Supervisor: Fábio Luiz Usberti.
  • Renan Vilas Novas. Supervisor: Fábio Luiz Usberti.
  • René du Raymond Sacramento. Supervisor: Guilherme Pimentel Telles.
  • Ulysses Rocha. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa.
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Undergraduate Students

  • Plácido Capp Campos. Supervisor: Lehilton Lelis Chaves Pedrosa.
  • Ronaldo Prata Amorim. Supervisor: Eduardo Candido Xavier.
  • Vinícius Balbino de Souza. Supervisor: Lehilton Lelis Chaves Pedrosa.
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Research Projects

  • Algoritmos para Rearranjos de Genomas. 2015 - today. Zanoni Dias, Ulisses Dias. Fundação de Amparo À Pesquisa do Estado de São Paulo
  • Algoritmos, Grafos e Otimização Combinatória. 2012 - today. Cid Carvalho de Souza, Orlando Lee, Flávio Keidi Miyazawa, Pedro Jussieu de Rezende, Zanoni Dias, Célia Picinin de Mello, Eduardo Candido Xavier, Guilherme Pimentel Telles. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  • Análise Visual Multi-escala de dados multidimensionais em redes: dados biológicos e textuais. 2014 - today. Guilherme Pimentel Telles, Rosane Minghim, Gabriela Vaz Meirelles, Flavia V. Winck, Adriana F. Paes Leme, Lucas Antiqueira. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  • CEPID - Center for Computational Engineering and Sciences. 2013 - today. Guilherme Pimentel Telles, Zanoni Dias, Munir Skaf, Vera Nisaka Solferini, Euclides de Mesquita Neto, Douglas Soares Galvão, Martin Tygel, Gonçalo Guimarães Pereira, Renato Pavanello, Alex Antonelli, Maurice de Koning, Rogerio Custodio, Nelson Henrique Morgon, Peter J. Rossky, Victor Salvador Batista, Martin Schanz, Daniel Laria, Dario Estrin, Claudia B. M. Medeiros, Rodolfo Azevedo, Guido Costa Souza de Araújo. Fundação de Amparo À Pesquisa do Estado de São Paulo
  • Desafios em Visualização Exploratória de Dados Multidimensionais: Novos Paradigmas, Escalabilidade e Aplicações. 2012 - 2016. Guilherme Pimentel Telles, Fernando Vieira Paulovich, Alneu de Andrade Lopes, Luís Gustavo Nonato, Helio Pedrini, Maria Cristina F. Oliveira, Rosane Minghim, Moacir Ponti Jr. Fundação de Amparo À Pesquisa do Estado de São Paulo
  • Exact solutions for the Chromatic Art Gallery Problem. 2013 - today. Pedro Jussieu de Rezende. Fundação de Amparo À Pesquisa do Estado de São Paulo
  • Filogenia Viva: complexidade computacional e algoritmos. 2013 - today. Guilherme Pimentel Telles, Nalvo F. Almeida, Maria Emília M. T. Walter. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  • Genômica e transcritômica de espécies forrageiras tropicais. 2016 - today. Guilherme Pimentel Telles, Nalvo F. Almeida, Maria Emília M. T. Walter, Luciana Montera. Ciência e Tecnologia do Ms Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino
  • Problemas Combinatórios em Sistemas de Distribuição de Energia. 2013 - 2016. Fábio Luiz Usberti, Christiano Lyra, José Federico Vizcaino González, Laura Silva de Assis, Celso Cavellucci. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  • Problemas de Distância de Rearranjo de Genomas. 2013 - 2016. Zanoni Dias, Ulisses Martins Dias. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
  • Problemas de Rearranjos de Genomas: Algoritmos e Complexidades. 2015 - today. Zanoni Dias, João Meidanis, Cleber Mira, Ulisses Martins Dias, Guillaume Fertin, Anthony Labarre, Géraldine Jean, Stéphane Vialette. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Cofecub
  • Projeto Exato - um projeto de ensino dirigido a estudantes da rede pública da região de Campinas. 2013 - today. Christiane Neme Campos, Raquel Salek Fiad, Paulo Cesar Muniz de Lacerda Miranda, Gabriela Castellano. Pró-Reitoria de Extensão e Assuntos Comunitários - Unicamp
  • Técnicas Eficientes para Anotação de Imagem em Grandes Bases de Dados. 2013 - today. Pedro Jussieu de Rezende, Jorge Stolfi, Alexandre X. Falcão, João Paulo Papa, Jancarlo F. Gomes, J. A. Santos, J. K. Udupa, R. S. Torres, P. A. V. Miranda, R. Minetto, D. Cox, A. Telea, J. Roerdink, F. Malmberg, G. Sapiro, M. Nielsen, E. B. Dam.
  • Técnicas computacionais para rastreamento de focos de Tuberculose Bovina. 2015 - today. Guilherme Pimentel Telles, Nalvo F. Almeida, Maria Emília M. T. Walter, Said Sadique Adi, João Carlos Setubal, Marcelo Henriques de Carvalho, Maria Istela Cagnin Machado, Debora Maria Barroso Paiva, Willian Paraguassu Amorim, Luciana Montera, Flábio Ribeiro de Araújo, Cláudio Leonardo Lucchesi, Graziela Santos de Araújo, Rogério Güths. Ciência e Tecnologia do Ms Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino
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Journal Publications

  • Agostinho Agra, Mahdi Doostmohammadi, Cid Carvalho de Souza. Valid inequalities for a single constrained 0-1 MIP set intersected with a conflict graph. Discrete Optimization, 21, pages 42-70, 2016.
  • Alberto Arruda de Oliveira, Pasquale Ferrara, Alessia de Rosa, Alessandro Piva, Mauro Barni, Siome Goldenstein, Zanoni Dias, Anderson Rocha. Multiple Parenting Phylogeny Relationships in Digital Images. IEEE Transactions on Information Forensics and Security, 11, pages 328-343, 2016.
  • Andrei Sampaio Braga, Cid Carvalho de Souza, Orlando Lee. A note on the paper ‘Eternal security in graphs’ by Goddard, Hedetniemi, and Hedetniemi (2005). JCMCC. Journal of Combinatorial Mathematics and Combinatorial Computing, 96, pages 13-22, 2016.
  • Bruno Cardoso Lopes, Leonardo Luiz Ecco, Eduardo Candido Xavier, Rodolfo Jardim de Azevedo. Design and evaluation of compact ISA extensions. Microprocessors and Microsystems, 40, pages 1-15, 2016.
  • Cristina Gomes Fernandes, Carlos Eduardo Ferreira, Álvaro Junio Pereira Franco, Rafael Crivellari Saliba Schouery. The envy-free pricing problem, unit-demand markets and connections with the network pricing problem. Discrete Optimization, 22, pages 141-161, 2016.
  • Cristina Gomes Fernandes, César Hernández-Vélez, Orlando Lee, José Coelho de Pina. Spanning trees with nonseparating paths. Discrete Mathematics, 339, pages 365-374, 2016.
  • Davi Colli Tozoni, Pedro Jussieu de Rezende, Cid Carvalho de Souza. Algorithm 966: A Practical Iterative Algorithm for the Art Gallery Problem Using Integer Linear Programming. ACM Transactions on Mathematical Software, 43, pages 1-27, 2016.
  • Flávio Keidi Miyazawa, Lehilton Lelis Chaves Pedrosa, Rafael Crivellari Saliba Schouery, Maxim Sviridenko, Yoshiko Wakabayashi. Polynomial-Time Approximation Schemes for Circle and Other Packing Problems. Algorithmica, 76, pages 536-568, 2016.
  • Guilherme Marmerola, Marina Atsumi Oikawa, Zanoni Dias, Siome Goldenstein, Anderson Rocha. On the Reconstruction of Text Phylogeny Trees: Evaluation and Analysis of Textual Relationships. Plos One, 11, pages e0167822, 2016.
  • Lucas de Oliveira, Cid Carvalho de Souza, Tallys Yunes. Lower bounds for large traveling umpire instances: New valid inequalities and a branch-and-cut algorithm. Computers & Operations Research, 72, pages 147-159, 2016.
  • Luis Augusto Angelotti Meira, Flávio Keidi Miyazawa, Lehilton Lelis Chaves Pedrosa. Clustering through Continuous Facility Location Problems. Theoretical Computer Science, 657, pages 137-145, 2016.
  • Marina Atsumi Oikawa, Zanoni Dias, Anderson Rocha, Siome Goldenstein. Distances in multimedia phylogeny. International Transactions in Operational Research, 23, pages 921-946, 2016.
  • Marina Atsumi Oikawa, Zanoni Dias, Anderson de Rezende Rocha, Siome Goldenstein. Manifold Learning and Spectral Clustering for Image Phylogeny Forests. IEEE Transactions on Information Forensics and Security, 11, pages 5-18, 2016.
  • Mauro Cardoso Lopes, Carlos Eduardo de Andrade, Thiago Alvez de Queiroz, Mauricio Guilherme de Carvalho Resende, Flávio Keidi Miyazawa. Heuristics for a Hub Location-Routing Problem. Networks (New York, N.Y. Print), 68, pages 54-90, 2016.
  • Mário César San Felice, David Paul Williamson, Orlando Lee. A Randomized O(log n)-Competitive Algorithm for the Online Connected Facility Location Problem. Algorithmica (New York. Internet), 1, pages 1-19, 2016.
  • Pedro Henrique Del Bianco Hokama, Flávio Keidi Miyazawa, Rafael Crivellari Saliba Schouery. A bounded space algorithm for online circle packing. Information Processing Letters (Print), 116, pages 337-342, 2016.
  • Pedro Hokama, Flávio Keidi Miyazawa, Eduardo Candido Xavier. A branch-and-cut approach for the vehicle routing problem with loading constraints. Expert Systems with Applications, 47, pages 1-13, 2016.
  • Pedro Jussieu de Rezende, Cid Carvalho de Souza, Stephan Friedrichs, Michael Hemmer, Alexander Kröller, Davi Colli Tozoni. Engineering Art Galleries. Lecture Notes in Computer Science, 9220, pages 379-417, 2016.
  • William Hideki Azana Tustumi, Simon Gog, Guilherme Pimentel Telles, Felipe Alves da Louza. An improved algorithm for the all-pairs suffix-prefix problem. Journal of Discrete Algorithms (Print), 37, pages 34-43, 2016.
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Conference Publications

  • Atílio Gomes Luiz, Christiane Neme Campos, R. Bruce Richter. Some families of 0-rotatable graceful caterpillars. I Encontro de Teoria da Computação - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (ETC’2016), pages 812-815, 2016.
  • Atílio Gomes Luiz, Christiane Neme Campos, R. Bruce Richter. α-labellings of lobsters with maximum degree three. Bordeaux Graph Workshop (BGW’2016), pages 70-73, 2016.
  • Evandro Cesar Bracht, Thiago Alvez de Queiroz, Rafael Crivellari Saliba Schouery, Flávio Keidi Miyazawa. Dynamic Cargo Stability in Loading and Transportation of Containers. Proceedings of the 12th IEEE International Conference on Automation Science and Engineering (CASE’2016), pages 1-6, 2016.
  • Felipe Alves da Louza, Simon Gog, Guilherme Pimentel Telles. Induced Suffix Sorting for String Collections. Proceedings of Data Compression Conference (DCC’2016), pages 43-52, 2016.
  • Felipe Alves da Louza, Simon Gog, Leandro Zanotto, Guido Costa Souza de Araújo, Guilherme Pimentel Telles. Parallel Computation for the All-Pairs Suffix-Prefix Problem. Proceedings of International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE’2016), LNCS volume 9954, pages 122-132, 2016.
  • Filipe de Oliveira Costa, Silvia Lameri, Paolo Bestagini, Zanoni Dias, Stefano Tubaro, Anderson Rocha. Hash-Based Frame Selection for Video Phylogeny. Proceedings of the IEEE International Workshop on Information Forensics and Security (WIFS’2016), 2016.
  • Flávio Keidi Miyazawa, Rafael Crivellari Saliba Schouery. Compartilhamento de Custos de Empacotamento. I Encontro de Teoria da Computação - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (ETC’2016), pages 848-851, 2016.
  • Gustavo Rodrigues Galvão, Zanoni Dias. Algorithms for Sorting by Reversals or Transpositions, with Application to Genome Rearrangement. XXIX Concurso de Teses e Dissertações - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CTD’2016), pages 441-446, 2016.
  • Henrique Vieira e Sousa, Christiane Neme Campos. O problema da partição em cliques dominantes. VI Latin American Workshop on Cliques in Graphs (LAWCG’2014), Matemática Contemporânea v. 44, pages 1-10, 2016.
  • Lehilton Lelis Chaves Pedrosa. A Primal-Dual Approximation Algorithm for the One-Warehouse Multiple-Retailer Problem. ANAIS DO XLVIII Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional (SBPO’2016), 2016.
  • Lehilton Lelis Chaves Pedrosa, Vinícius Fernandes Dos Santos, Rafael Crivellari Saliba Schouery. Uma Aproximação para o Problema de Alocação de Terminais. I Encontro de Teoria da Computação - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (ETC’2016), 2016.
  • Leonardo Yves Schwarzstein, Flávio Keidi Miyazawa, Rafael Crivellari Saliba Schouery. Um Leilão à Prova de Estratégia para o Compartilhamento de Viagens Dinâmico com Múltiplos Passageiros. I Encontro de Teoria da Computação - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (ETC’2016), pages 856-859, 2016.
  • Matheus de Souza Ataíde, Cid Carvalho de Souza, Pedro Jussieu de Rezende, Marcos Vaz Salles. The Longest Link Node Deployment Problem in Cloud Computing: a Heuristic Approach. Proceedings of the XVIII Latin-Iberoamerican Conference on Operations Research (CLAIO’2016), pages 69-76, 2016.
  • Mauricio Zambon, Pedro Jussieu de Rezende, Cid Carvalho de Souza. Exact Solutions for the Geometric Firefighter Problem. Proceedings of the 28th Canadian Conference on Computational Geometry (CCCG’2016), 1, pages 223-229, 2016.
  • Maycon Sambinelli, Cândida Nunes da Silva, Orlando Lee. On Linial’s Conjecture for Split Digraphs. I Encontro de Teoria da Computação - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (ETC’2016) , 2016.
  • Murilo de Lima, Mário César San Felice, Orlando Lee. On a Leasing Variant of the Online Connected Facility Location Problem. I Encontro de Teoria da Computação - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (ETC’2016), 2016.
  • Yulle Glebbyo Felipe Borges, Flávio Keidi Miyazawa, Rafael Crivellari Saliba Schouery, Eduardo Candido Xavier. Algoritmos Branch-and-Price para o Problema de Empacotamento em Recipientes com Restrições de Classe. I Encontro de Teoria da Computação - XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (ETC’2016), pages 820-823, 2016.
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Concluded Supervisions

  • Allan Sapucaia Barboza. Undergraduate: Modelos matemáticos e estudo algorítmico para problemas de fuga de retângulos. Supervisores: Cid Carvalho de Souza and Pedro Jussieu de Rezende. 2016.
  • Breno Piva. PhD: Encontrando Estruturas Geométricas com Número de Trespasse Mínimo. Supervisor: Cid Carvalho de Souza. 2016.
  • Carla Negri Lintzmayer. PhD: The Problem of Sorting Permutations by Prefix and Suffix Rearrangements. Supervisor: Zanoni Dias. 2016.
  • Eduardo Rossetti Donoso. Undergraduate: Problema da Ordenação Ponderada por Reversões e Transposições. Supervisor: Zanoni Dias. 2016.
  • Evandro Cesar Bracht. PhD: Problemas de Empacotamento com Restrições de Equilíbrio Mecânico. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa. 2016.
  • Fabio Yudi Murakami. Undergraduate: Heurísticas para o Problema de Precificação Livre de Inveja. Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery. 2016.
  • Filipe de Oliveira Costa. PhD: Image and Video Phylogeny Reconstruction. Co-Supervisor: Zanoni Dias. 2016.
  • Fábio Botler. Post-Doc. Supervisor: Orlando Lee. 2016.
  • Iago A Neves. Undergraduate: Resultados teóricos para leilões de um único item. Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery. 2016.
  • Lise Rommel Romero Navarrete. Master: Alinhamentos de seqüências restritos por expressão regular usando padrões PROSITE. Supervisor: Guilherme Pimentel Telles. 2016.
  • Lucas Oliveira. PhD: O problema dos Árbitros Viajantes: Complexidade, Modelagem e Algoritmos. Supervisor: Cid Carvalho de Souza. 2016.
  • Lucas Prado Melo. Master: k-Level Stochastic Facility Location Problems. Supervisor: Lehilton Lelis Chaves Pedrosa. Co-Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery. 2016.
  • Mateus Augusto Bellomo Agrello Ruivo. Undergraduate: O Problema da Partição de Pontos com Pesos em Grades de Quadriláteros. Supervisores: Cid Carvalho de Souza e Pedro Jussieu de Rezende. 2016.
  • Matheus de Souza Ataide. Undergraduate: Problemas de otimização de alocação de máquinas virtuais para computação em nuvem. Supervisores: Cid Carvalho de Souza e Pedro Jussieu de Rezende. 2016.
  • Pedro Henrique del Bianco Hokama. PhD: Algoritmos para Problemas com Restrições de Empacotamento. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa. 2016.
  • Rafael Crivellari Saliba Schouery. Post-Doc. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa. 2016.
  • Rafael Ghussn Cano. PhD: Combinatorial Optimization Problems in Cartographic Data Visualization. Supervisor: Cid Carvalho de Souza. Co-Supervisor: Pedro Jussieu de Rezende. 2016.
  • Renata Ghisloti Duarte de Souza. Master: The Geometric Connected Facility Location Problem. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa, Co-Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery, 2016.
  • Tamara Martinelli de Campos. Undergraduate: Integração de ferramentas de proteômica ao Galaxy. Supervisor: Guilherme Pimentel Telles. 2016.
  • Thiago da Silva Arruda. Master: O Problema da Ordenação por Reversões Ponderadas. Supervisor: Zanoni Dias. 2016.
  • Yulle Glebbyo Felipe Borges. Master: Branch and Price Algorithms for the Class Constrained Bin Packing Problem. Supervisor: Flávio Keidi Miyazawa. Co-Supervisor: Rafael Crivellari Saliba Schouery. 2016.
  • Yuri Correa Pinto Soares. Undergraduate: Heurísticas para Determinação da Distância de Inversões entre Triangulações. Supervisor: Pedro Jussieu de Rezende. Co-Supervisor: Cid Carvalho de Souza. 2016.
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Awards

  • Orientador da tese premiada como Melhor Tese de Doutorado do Instituto de Computação - UNICAMP, Carlos Eduardo de Andrade. IC-UNICAMP. Flávio Keidi Miyazawa, 2016.
  • Orientador de tese de doutorado finalista no Concurso de Teses em Inteligência Artificial e Computacional, Carlos Eduardo de Andrade. BRACIS - Brazilian Conference on Intelligent Systems. Flávio Keidi Miyazawa, 2016.
  • Orientador de tese ganhadora de Prêmio de Menção Honrosa no Concurso Capes de Teses de Doutorado em Ciência da Computação, Carlos Eduardo de Andrade. CAPES. Flávio Keidi Miyazawa, 2016.
  • Prêmio de Reconhecimento Docente pela Dedicação ao Ensino de Graduação. Unicamp. Zanoni Dias, 2016.
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